Ein Jahr ist es her, nachdem Professor Charles Xavier mit den Shi’ar die Erde verließ. Die Öffentlichkeit lässt man im Glauben, dass er von Henry Gyrich erschossen wurde.
Die X-Men setzen seitdem ihre Mission führungslos fort, Mutanten und Menschen gleichermaßen zu verteidigen. Die Sympathie der Öffentlichkeit gegenüber Mutanten ist seit dem Tod Xaviers angestiegen. Jean Grey, Scott Summers und auch Storm nehmen seniorige Rollen ein, auch wenn es keinen offiziellen Anführer gibt.
Jean ist mittlerweile schwanger und erwartet ein Kind von Scott.
Storm und Bishop retten einen jungen Mutanten namens Roberto da Costa vor den Friends of Humanity (FoH). Diese Extremisten sind an Sentinel-Technologie gelangt und planen, gegen ein Kopfgeld Mutanten zu fangen.
Jean befragt Henry Gyrichs Geist mithilfe Cerebros nach dem Aufenthaltsort von Bolivar Trask, dem Schöpfer der Sentinels. Trotz des Erfolgs erhält sie eine schreckliche Vorahnung, in der sie und ihr Baby sterben werden.
Das Team findet Trask auf einem Schrottplatz in der Sahara, wo er seine Wächter mit Hilfe eines lobotomierten Master Mold wieder aufbaut. Nachdem die X-Men die Sentinels besiegt und Trask festgenommen haben, denken Scott und Jean darüber nach, das Team zu verlassen. Sie wollen ihren zukünftigen Sohn von Mutantenhass fernhalten.
Jubilee berichtet Roberto von ihren Anfängen bei den X-Men und kann ihn schließlich von dem Familiengedanken dahinter überzeugen, auch wenn er erst einmal eigene Wege geht.
Einen Tag später enthüllt Magneto Xaviers Testament und damit, dass Xavier ihm die Kontrolle über das Institut überträgt und die Leitung der X-Men anvertraut.